微生物多样性测序,又称扩增子测序,是利用二/三代测序平台,以细菌/古菌16S rRNA基因可变区、真菌18S rRNA基因可变区或真菌ITS(Internal transcribed spacer)内转录间隔区等微生物特征序列(Signature sequence)为靶点,通过检测序列的变异和数量,反映菌群中各类微生物的种类和丰度,从而快速解码菌群物种分布特征,阐明样本间多样性和组成差异。